Как будет ходить трафик внутри сети?

Нет понятия «основной шлюз».
Есть «шлюз по умолчанию» в настройках сети на ПК.
Если шлюз по умолчанию на ПК микротик, то все пакеты пойдут через микротик, т.е. по варианту 1.
Не силен в микротиках, но в общем случае можно настроить DHCP так, чтоб он отдавал адрес оптического роутера как шлюз по умолчанию (или настроить статически). Тогда будет работать вариант 2. В таком случае микротик в сети будет выполнять роль только DHCP сервера, если, конечно, у него нет другого функционала.

Коммутатор работает на уровне L2, и на полной скорости будет коммутировать адреса одной сети (192.168.88.0/24).

Когда клиент попросит выйти в интернет ( за пределы своего широковещательного домена), маршрут пойдет через роутер. Скорость будет 100 Мбит.

Стоп. У роутера провайдера 192.168.88.2 ?? Микротик что делает то тогда? Наблюдает за тем, что всем устройствам сети пофигу на его правила, так как они без его участия могу обратиться к провайдерской ONT?

Тут уже все верно ответили, трафик в одной сети ходит напрямую миную микротик. Трафик в мир ходит через gw, если gw это микротик, то скорость падает до скорости порта.

Кстати по DHCP можно отдавать два GW. Получим следующую схему резервирования.
Делаем на микротике два IP, выдергиваем один порт из bridge (пусть будет eth3), тогда bridge — 88.1 и eth3 — 88.2
На оптическом роутере 88.3. Подключаем микротик двумя портами в свич.
По DHCP отдаем два GW 88.3 и 88.2 (именно в такой последовательности).

При нормальной работе ПК ходит в интернет через 88.3 и имеет скорость 500 Mbit/s, если интернет пропадает, ПК сам переключается на 88.2. На микротике делаем правило контроля интернета через оптический роутер (прописываем какой-то публичный маршрут в сторону оптического роутера и пингаем этот адреес). Eсли адрес пингается, то микротик блокирует порт eth3, что заставит ПК снова переключиться на 88.3, eсли адрес становиться не доступен, то микротик снова поднимает порт eth3.