Как убрать из панели управления уже удалённые программы?

uninstall tool

Правой кнопкой мыши по названию удаленной программы щёлкни. В вызванном меню какие предлагаются опции?

Этот список составляется системой на основе записей в реестре. Если вы не стандартно удалили программу (просто вручную вынесли папку с файлами, а не использовали прилагаемый uninstall), то эти недоудаленные куски и будут постоянно торчать везде и отравлять вам жизнь. Установка программы заключается не только в копировании пачки файлов, но и в некоторых настройках в самой ОС (настройка ассоциаций файлов, протоколов, прописывание доступа в брандмауере и прочее).
Поэтому просто удалить элемент в этом списке можно (путем редактирования реестра), но программу полностью вы уже не удалите.