Какую программу лучше использовать для конвертации и слияния видео и аудио под linux?

Сервер Janus WebRTC производит запись видеоконференций. Делает он это путем захвата видео- и аудиопотоков и сохранения их в mjr файлы. В Janus’е есть встроенный инструмент для конвертации этих потоков в mkv и ogg файлы. Но это получаются несжатые раздельные файлы. Есть ли удобная программа, с помощью которой можно сжать и слить эти мультимедиа файлы в один — например mkv. И чтобы работала их командной строки — чтобы процесс слияния и перекодирования можно было автоматизировать

ffmpeg -i video1.mp4 -i video2.mp3 -c:v libx264 -c:a aac result.mkv