Mysql. Огромная разница во времени выполнения посредством php и непосредственно в phpMyadmin

Возможно в пхпмайадмине указан LIMIT , а в скрипте вытягиваются все сто миллионов записей. 

Без примерной структуры и самого запроса, без года скрипта — ничего особо не посоветуешь.

но его автоматически подставляет. 0, 30 что ли

Причем здесь год скрипта — банальная выборка pdo либо mysqli с одним запросом и более ничего.

Даже если ставлю в запросе

... LIMIT ХХХ

Пропорционально запрос выполняется по тому же таймингу.

Ничего нельзя сказать без кода php. Может там циклы или еще что. 

Банальный «сложный» запрос… код вида:

// Формируем тест выборка
$data = $db->query("
        SELECT data,
        (Вложеная выборка вида SELECT),
...
        (Вложеная выборка вида SELECT)
        FROM table 
        WHERE УСЛОВИЕ
	LIMIT 10
");

Если выставить индексы для всех WHERE (тип данных DITETIME), то  запрос выполняется на %% 30 дольше.

LIMIT также замедляет выборку в среднем на %%50. Чистая выборка обрабатывается шустрее.

это тебе к экстрасенсам нужно ну или гадалке…

зы. единственное объяснение это качество кода,  phpMyadmin  не рукожопы писали, поэтому он быстрее  😀

<?php
$from= microtime(true);
$db = new PDO(SETTINGS);
$data = $db->query(ЗАПРОС);
echo round(microtime(true) - $start, 4);
?>

Какая рукожопость в этих 4 строчках кода? Никакой больше обработки — банальная выборка и все.

нужно не гадать, а искать причину… я в своей практике не раз сталкивался с сусликом которого невидно, но он есть))

для начала вывести запрос и сравнить с тем что в phpmyadmin формируется, или вставить запрос из phpmyadmin в скрипт.

дело явно не в php,  а в запросе

Да, например, вот — не инициализированная переменная $start — вместо нее должна быть видимо $from.